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Les congés, autres que les congés annuels, accordés à un fonctionnaire stagiaire ont des effets sur la durée de son stage. 

Effet des congés de maladie

Lorsque le fonctionnaire stagiaire a bénéficié, durant son stage, de congés de maladie d'une durée supérieure au 10ème de la durée de son stage (soit 36 jours pour un stage d'un an), le stage est prolongé et la date de titularisation reportée, d'autant de jours de congés accordés au-delà du 10ème de la durée normale.

Par exemple, un fonctionnaire nommé stagiaire le 1er janvier de l'année N pour une durée d'un an et ayant bénéficié de congés de maladie d'une durée totale de 53 jours, verra son stage prolongé de 17 jours (53 – 36) et sa date de titularisation reportée du 1er janvier au 17 janvier de l'année N + 1.

Effet des congés de maternité, d'adoption et de paternité

Lorsque le fonctionnaire stagiaire a bénéficié, durant son stage, d'un congé de maternité, d'adoption ou de paternité d'une durée supérieure au 10ème de la durée de son stage (soit 36 jours pour un stage d'un an), le stage est prolongé d'autant de jours de congés accordés au-delà du 10ème de la durée normale, mais la date d'effet de la titularisation reste la date de fin de la période normale de stage.

Par exemple, une fonctionnaire nommée stagiaire le 1er janvier de l'année N pour une durée d'un an et ayant bénéficié d'un congé de maternité de 112 jours, verra son stage prolongé de 76 jours (112 – 36) soit jusqu'au 17 mars de l'année N + 1 mais sa titularisation prendra effet au 1er janvier de l'année N + 1.

Effet des congés de toute nature

Dans la fonction publique territoriale, quand le stagiaire a bénéficié de congés (autres que les congés annuels) rémunérés ou non, pendant une durée supérieure à un an, et qu'il n'avait pas encore accompli au moins la moitié de la durée normale de stage avant cette interruption, l'administration peut lui demander d'accomplir à nouveau l'intégralité de la durée normale de stage.

Dans les fonctions publiques d'État et hospitalière, le stagiaire doit recommencer la totalité du stage lorsque la durée des congés a été supérieure à 3 ans.