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D'un point de vue fiscal, deux options sont possibles : l'auto-entrepreneur peut opter pour le régime fiscal de la micro-entreprise (avec application du barème progressif de l'impôt sur le revenu) ou pour le prélèvement libératoire de l'impôt sur le revenu (s'il a choisi le régime micro-social).

Le régime d'imposition de la micro-entreprise s'exerce de plein droit pour l'auto-entrepreneur, qui, d'un point de vue fiscal, est un entrepreneur individuel imposé à l'impôt sur le revenu dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux (micro-BIC) pour une activité commerciale ou artisanale, ou des bénéfices non commerciaux (micro-BNC) pour une activité libérale.

Ce statut s'applique tant que le chiffre d'affaires (CA) annuel hors taxe ne dépasse pas les seuils du régime fiscal de la micro-entreprise :

• 81.500 € pour les activités de commerce et de fourniture de logement (hôtels, chambres d'hôtes, gîtes ruraux, meublés de tourisme),

• 32.600 € pour les prestations de service et les professions libérales relevant des bénéfices non commerciaux (BNC) et des bénéfices industriels et commerciaux (BIC).

Si le CA hors taxe dépasse les seuils autorisés, sans toutefois dépasser respectivement 89.600 € et 34.600 €, il est possible de conserver ce statut l'année de dépassement des seuils et les 2 années civiles suivantes.

Ces seuils sont modifiés chaque année dans la même proportion que la limite supérieure de la 1re tranche du barème de l'impôt sur le revenu. En 2012, le barème de l'impôt sur le revenu ayant été gelé, les seuils de CA n'ont pas été réévalués et restent identiques à ce qu'ils étaient en 2011.

Le micro-entrepreneur est dispensé d'établir une déclaration professionnelle de bénéfices au titre des BNC ou BIC. Il lui suffit de porter sur la déclaration complémentaire de revenu  le montant du chiffre d'affaires (BIC) ou des recettes (BNC), ainsi que les éventuelles plus ou moins-values réalisées ou subies au cours de l'année concernée.

Il doit indiquer sur sa déclaration de revenus un certain nombre d'éléments dans la partie « Informations générales » : état civil, adresse et numéro Siret de l'établissement principal, nombre de salariés, nature du revenu réalisé (BIC ou BNC).

Le bénéfice imposable est déterminé par l'administration fiscale qui applique au chiffres d'affaires (CA) déclaré un abattement forfaitaire pour frais professionnels de :

• 71 % du CA pour les activités d'achat-revente ou de fourniture de logement,

• 50 % du CA pour les autres activités relevant des BIC,

• 34 % du CA pour les BNC,

avec un minimum d'abattement de 305 €.

Pour déterminer l'impôt sur le revenu dû, le bénéfice forfaitaire ainsi calculé est ensuite soumis, avec les autres revenus du foyer fiscal, au barème progressif par tranches de l'impôt sur le revenu.

L'auto-entrepreneur qui, sous certaines conditions, a opté pour le régime micro-social simplifié est soumis à un prélèvement social et fiscal libératoire forfaitaire, qui remplace l'impôt sur le revenu et les charges sociales obligatoires.

Ce forfait s'applique sur le CA, ou montant des recettes, réellement encaissé : s'il est nul, il n'y a aucun prélèvement. Mais, même si le CA est nul, la déclaration est obligatoire.

Le prélèvement forfaitaire représente :

• 13 % du CA pour les ventes de marchandises,

• 23 % pour une activité commerciale ou artisanale,

• 23,5 % dans les services.

Pour opter pour ce régime fiscal et social, il faut déposer une demande, soit lors de la déclaration d'activité (ou dans les 3 mois) pour une application immédiate, ou au plus tard le 31 décembre pour une application l'année suivante.

Cette option est ouverte uniquement à l'auto-entrepreneur dont le revenu fiscal de référence de l'avant-dernière année (N-2) est inférieur ou égal, pour une part de quotient familial, à la limite supérieure de la 3e tranche du barème de l'impôt sur le revenu de l'année précédente, soit pour 2012 à partir de 26.030 €  . 

Cette limite est majorée de 50 % par demi-part supplémentaire (soit 78.090 € pour un couple avec 2 enfants).

Voir Comment déclarer son chiffre d'affaires en régime micro-social ?

Les seuils de chiffre d'affaires du régime micro (que ce soit en micro-entreprise ou en micro-social) permettent aux auto-entrepreneurs de bénéficier de droit à l'exonération de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA).

La franchise en base de TVA est un dispositif qui dispense les entreprises de la déclaration et du paiement de la TVA sur les prestations ou ventes qu'elles réalisent.

Les professionnels qui relèvent de la franchise en base doivent facturer leurs prestations ou leurs ventes en hors taxe et faire figurer sur les factures la mention « TVA non applicable - article 293 B du CGI ».

Cela implique que la TVA ne peut pas être déduite (et donc non récupérée) des achats de biens et de services effectués pour les besoins de leur activité.

Ils peuvent y renoncer en optant pour le paiement de la TVA, mais dans ce cas ils ne relèvent plus du régime micro.